Czerniejówka bierze początek ze źródeł w Piotrkowie-Kolonii na wysokości 247,5 m n.p.m., uchodzi do Bystrzycy w Lublinie na 169 m n.p.m., a średnia wysokość dorzecza wynosi 225,5 m n.p.m. Na całym odcinku Czerniejówka płynie w dobrze wykształconej dolinie z płaskim dnem o zmiennej szerokości i silnie nachylonymi zboczami. W swoim biegu na odcinku 27 km przyjmuje tylko jeden krótki dopływ – Skrzyniczankę.
